從出土的石錛、石鐲表明，新石器時代就有人類在慶元境內(nèi)繁衍生息。
夏、商、周時，境域為越地（越族聚居地）。
春秋，為越國地。
戰(zhàn)國后期（約公元前306年），楚滅越，境域?qū)俪䥽?/p>
秦，屬閩中郡（郡治在今福州市）。
西漢，漢高祖五年（公元前202年），改閩中郡為閩越國；漢惠帝三年（公元前192年），分閩越國甌越地立東甌國（治所在今溫州市）；西漢始元二年（公元前85年），以東甌國地置回浦縣（縣治在今臺州市椒江區(qū)章安鎮(zhèn)），轄今臺州、溫州、麗水三市區(qū)域，屬揚州刺史部會稽郡（郡治在今江蘇省蘇州市）。
東漢建武元年（25年），回浦改名為章安縣（縣治在今臺州市椒江區(qū)章安鎮(zhèn)），屬揚州刺史部會稽郡（郡治在今紹興市）；建安四年（199年），分章安縣置松陽縣，屬揚州刺史部會稽郡；建安二十三年（218年），分太末縣南部置遂昌縣，屬揚州刺史部會稽郡。
從三國、兩晉、南北朝、隋至唐乾元二年（759年），松陽縣先后隸屬揚州臨�？�、永嘉郡、處（栝）州、江南道（或江南東道）栝州；遂昌縣先后隸屬揚州東陽郡、栝州、江南道（或江南東道）栝州。
唐乾元二年（759年），析遂昌縣、松陽縣置龍泉縣，慶元境域?qū)僬憬瓥|道枯州龍泉縣。
五代十國，屬吳越國處州龍泉縣；后晉天福二年（937年），閩國奪取吳越國龍泉縣松源鄉(xiāng)大部分地（今福建省松溪縣溪東、渭田、舊縣、河?xùn)|、茶平，不含錢園橋行政村的松源鎮(zhèn)及政和縣東平鎮(zhèn)和鐵山鄉(xiāng)錦屏行政村），建松源鎮(zhèn)（治在今松溪縣舊縣村），另半（今屏都、淤上、隆宮、安南、松源、四山、百山祖、合湖、賢良、五大堡、張村、舉水、龍溪等鄉(xiāng)鎮(zhèn)）仍屬吳越國處州龍泉縣。
北宋，屬兩浙路（或兩浙東路）處州龍泉縣。
南宋慶元三年（1197年），析龍泉縣松源鄉(xiāng)及延慶鄉(xiāng)部分地（今龍泉市小梅、查田、茶豐、青溪、四源和慶元縣三濟、黃真、黃田等地）置縣，以寧宗年號“慶元”為名，為慶元縣建制之始，屬兩浙東路處州，縣治在濛洲（今慶元縣城）。
元初，慶元縣屬江淮行省處州路；至元二十一年（1284年），改屬江浙行省處州路；至正十九年（1359年），改為安南府；旋改為處州府。
明洪武三年（1370年），撤慶元縣置慶元巡檢司，治在查田（今屬龍泉市）；洪武十三年（1380年），復(fù)置慶元縣，屬浙江布政使司處州府；景泰三年（1452年），青田縣鳴鶴鄉(xiāng)升天西里一部分地域（今江根、竹坪、官塘、左溪、青竹、蘇湖、嶺頭、南峰等鄉(xiāng)村）劃給慶元縣，“延慶鄉(xiāng)之半”地域中的小梅、查田、茶豐、青溪等地劃歸龍泉縣。
清，屬浙江省處州府。
嘉慶年間，金村、下洋劃歸龍泉縣。
辛亥革命時，隸屬浙江軍政府處州軍政分府。
民國元年（1912年），慶元縣直屬浙江省都督府。
3年，屬浙江省長公署甌海道（道尹駐今溫州市）。
1916年，直屬浙江省政府。
1924年6月，屬浙江省第九行政督察區(qū)。
1937年屬第六行政督察區(qū)，同年7月改稱第七行政督察區(qū)。
1949年5月17日，慶元縣和平解放。
7月5日，慶元縣人民政府成立，屬浙江省第七專區(qū)，同年10月改稱麗水專區(qū)。
1952年1月至1963年4月，撤銷麗水專區(qū)，改屬溫州專區(qū)。
1954年3月，景寧縣吳坑鄉(xiāng)劃給慶元縣（今屬張村鄉(xiāng)）。
1957年5月，龍泉縣龍巖村劃給慶元縣（今屬百山祖鄉(xiāng)）。
1958年3月，隆宮鄉(xiāng)張?zhí)齑鍎澖o福建省政和縣。
1958年11月，慶元縣并入龍泉縣。
1973年7月17日，國務(wù)院批準(zhǔn)恢復(fù)慶元縣建制。
1975年3月，四源公社劃歸龍泉縣。
1975年8月18日，慶元縣革命委員會掛牌辦公。
1981年7月，改稱慶元縣人民政府，屬麗水地區(qū)。
2000年，撤銷麗水地區(qū)，設(shè)立地級麗水市，慶元縣屬麗水市。