水亭畬族鄉(xiāng)歷史悠久。

宋紹熙年間于婺州任職的水欽回閩，因聞閩地戰(zhàn)亂，遂擇此定居，為紀(jì)念故鄉(xiāng)亭溪，取名水亭。

清時(shí)屬太平鄉(xiāng)，民國(guó)時(shí)期屬蘭溪第五區(qū)。

1949年5月蘭溪解放，設(shè)水亭、河伯、圣山、柳塘4個(gè)鄉(xiāng)。

1956年分水亭、圣山兩個(gè)鄉(xiāng)。

1958年為游埠公社水亭、圣山、河伯、柳塘管理區(qū)。

1961年調(diào)整公社規(guī)模，分設(shè)水亭、圣山兩個(gè)公社。

1983年政社分設(shè)，稱水亭鄉(xiāng)和圣山畬族鄉(xiāng)。

1992年圣山畬族鄉(xiāng)和水亭鄉(xiāng)合并，稱水亭畬族鄉(xiāng)，是蘭溪市唯一的少數(shù)民族鄉(xiāng)，為浙江省18個(gè)少數(shù)民族鄉(xiāng)鎮(zhèn)之一。