建政時，為南宋鄉(xiāng)坑底村。

1956年合作化時，為南宋鄉(xiāng)燈塔高級社。

1958年公社化時，定名南宋管理區(qū)坑底大隊(duì)，屬于南宋管理區(qū)。

1961年隸屬南宋公社。

因重名，1981年12約改名為蕉坑底大隊(duì)。

1984年改稱蕉坑底村民委員會，屬于南宋鄉(xiāng)。

2002年行政村區(qū)劃調(diào)整由原來的大垟曹坑與蕉坑底兩個自然村撤并組成一個新的行政村，稱蕉坑底。

2011年6月鄉(xiāng)鎮(zhèn)區(qū)劃調(diào)整南宋鎮(zhèn)并入礬山鎮(zhèn)。

蕉坑底屬于礬山鎮(zhèn)。

2016年，增設(shè)南宋鎮(zhèn)，歸南宋鎮(zhèn)管轄，批準(zhǔn)文號溫政函〔2016〕23號。