1961年設立石頭生產(chǎn)大隊;1984年撤銷石頭生產(chǎn)大隊,設立石頭村村民委員會。
1949年屬城關區(qū)南四渠行政村一個自然村,1950年至1952年屬城關區(qū)甘井掌行政村,1953年建制變更,石頭村為石頭鄉(xiāng),1956年由鄉(xiāng)變村屬城關基點湯莊鄉(xiāng),1957年屬城關基點北四渠鄉(xiāng)。
1958年至1960年屬城關燈塔公社,1961年至1983年為城關公社石頭生產(chǎn)大隊,1984年至2000年屬城關鎮(zhèn)石頭村村民委員會。
2001年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn),石頭村歸崇文鎮(zhèn)管轄。