1961年設立石頭生產(chǎn)大隊；1984年撤銷石頭生產(chǎn)大隊，設立石頭村村民委員會。

1949年屬城關區(qū)南四渠行政村一個自然村，1950年至1952年屬城關區(qū)甘井掌行政村，1953年建制變更，石頭村為石頭鄉(xiāng)，1956年由鄉(xiāng)變村屬城關基點湯莊鄉(xiāng)，1957年屬城關基點北四渠鄉(xiāng)。

1958年至1960年屬城關燈塔公社，1961年至1983年為城關公社石頭生產(chǎn)大隊，1984年至2000年屬城關鎮(zhèn)石頭村村民委員會。

2001年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，石頭村歸崇文鎮(zhèn)管轄。