春秋時期屬卞邑。

西漢初期屬桓宣縣。

三國時期屬南武陽縣。

南北朝時屬武陽縣。

唐貞觀元年(627年)屬費縣。

1945年10月，屬蒙山縣。

1952年3月，蒙山縣撤銷，其第一至第四區(qū)及所轄73個鄉(xiāng)鎮(zhèn)劃入平邑縣，設九區(qū)仲村鎮(zhèn)。

1953年10月24日，九區(qū)仲村鎮(zhèn)劃設為區(qū)轄鎮(zhèn)。

1955年11月，九區(qū)改為仲村區(qū)。

1958年3月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，為仲村鄉(xiāng)，同年冬，撤銷鄉(xiāng)鎮(zhèn)建制，全縣建立“政社合一”的人民公社，仲村鄉(xiāng)更名為紅風人民公社。

1959年3月，改為仲村人民公社。

1961年5月，撤社設區(qū)，區(qū)下設公社，以駐地命名。

仲村人民公社更名為仲村區(qū)。

1971年4月，復稱仲村人民公社。

1984年4月我國實行“政社分開”，改為仲村區(qū)。

1985年8月，仲村區(qū)析建為仲村鎮(zhèn)和李家莊鄉(xiāng)。

2000年12月，岐山鎮(zhèn)并入仲村鎮(zhèn)。