該鎮(zhèn)民國時期屬惠民縣第八區(qū)。

1948年全縣轄區(qū)統(tǒng)改稱謂，更名清河鎮(zhèn)區(qū)。

1950年全縣轄區(qū)統(tǒng)一調(diào)整，更名第十一區(qū)。

1955年9月全縣轄區(qū)地名統(tǒng)改稱謂，復(fù)名清河鎮(zhèn)區(qū)。

1956年12月轄區(qū)分屬清河鎮(zhèn)、胡集、邵家三個鄉(xiāng)。

1958年2月區(qū)劃調(diào)整，清河鎮(zhèn)鄉(xiāng)、胡集鄉(xiāng)（部分）、邵家鄉(xiāng)（部分）合并為清河鎮(zhèn)鄉(xiāng)。

1958年11月建立人民公社時，清河鎮(zhèn)鄉(xiāng)改建為清河鎮(zhèn)公社。

1961年4月清河鎮(zhèn)公社更名為清河鎮(zhèn)區(qū)，轄古城馬、牛王店、油坊李、林樊、梅集、清河鎮(zhèn)等6個公社。

1969年9月全縣撤區(qū)改社，復(fù)名清河鎮(zhèn)公社。

1984年全縣撤銷人民公社建鄉(xiāng)鎮(zhèn)，清河鎮(zhèn)公社改建為清河鎮(zhèn)鄉(xiāng)。

1995年12月清河鎮(zhèn)鄉(xiāng)改建為清河鎮(zhèn)。