舊石器時代，回民區(qū)境內就有人類活動。

舜時期，回民區(qū)與呼和浩特其他地區(qū)稱“并州徼外”，當時為葷粥族所居地。

夏、商、周時期，呼和浩特地區(qū)或稱“并州徼外”、或稱“冀州徼外”。

戰(zhàn)國時期，趙武靈王征服居于今呼和浩特地區(qū)的少數(shù)民族“林胡”和“樓煩”，在陰山（大青山）山脈南麓置云中郡（今托克托縣古城村），回民區(qū)屬云中郡領地。

秦朝時期，設36個郡，原趙國的云中郡仍為一郡，管理今呼和浩特大部地區(qū)，回民區(qū)屬云中郡轄地。

西漢初期，呼和浩特部分地區(qū)仍稱云中郡，回民區(qū)屬之。

東漢末年，鮮卑拓拔部占據(jù)呼和浩特地區(qū)，后拓拔部建立北魏，回民區(qū)屬盛樂城管轄，后將盛樂都城安置歸順于魏的敕勒族，故呼和浩特地區(qū)有“敕勒川”之稱，回民區(qū)在敕勒川地界內。

南北朝時期，呼和浩特地區(qū)曾是突厥族居地。

隋朝時期，呼和浩特地區(qū)設榆林關總管府，不久又改為云州總管府。

大業(yè)元年（605年），改云州為定襄郡，回民區(qū)為定襄郡轄地。

唐朝時期，先后在呼和浩特地區(qū)設云中都護府，又稱單于都護府，后又改置為東受降城，回民區(qū)為其屬地。

五代十國時期，契丹族占據(jù)呼和浩特地區(qū)。

遼天祿元年（947年），設置豐州（城址今白塔村北），回民區(qū)為豐州屬地，屬云中州西京道（治所在今山西大同）管轄。

金收國元年（1115年），改西京道為西京路，今呼和浩特地區(qū)仍稱豐州。

后將豐州改稱天德總管府，回民區(qū)屬之。

元朝時期，沿金制，今呼和浩特地區(qū)仍稱西京路豐州，隸屬中書省大同路管轄，今回民區(qū)為豐州轄區(qū)。

明朝初期，在長城以北設置五衛(wèi)，回民區(qū)屬豐州衛(wèi)屬地。

正統(tǒng)年間，放棄長城以北軍事設置，呼和浩特地區(qū)成為蒙古土默特部駐牧地，回民區(qū)為土默川之中的一部分。

萬歷三年（1575年），城垣建成，賜名“歸化城”，今回民區(qū)為歸化城屬地。

后金天聰八年（1634年），后金統(tǒng)一內蒙古各部，把居于呼和浩特地區(qū)的土默特部分為左右兩翼，設左右翼都統(tǒng)管理，回民區(qū)為左翼轄地。

清康熙三十二年（1693年），設安北將軍，駐歸化城，專管歸化城都統(tǒng)﹑副都統(tǒng)及訓練官民等事。

雍正元年（1723年），將歸化城軍政、民政分設，歸化城土默特副都統(tǒng)只管蒙古族民政和軍事，設歸化城理事同知專管民政，對漢、回等民族進行管理，隸山西大同府。

雍正七年（1729年），歸化城理事同知改屬山西朔平府。

乾隆六年（1741年），在歸化城設歸綏道，隸屬山西巡撫，管轄歸化、綏遠、托克托、和林格爾、清水河、薩拉齊六廳，今回民區(qū)屬歸化廳管轄范圍。

民國元年（1912年），廢道、廳，改歸綏道為觀察使公署，歸化廳改稱歸化縣。

民國二年（1913年），撤銷歸綏道觀察使；同年，撤銷新城的糧餉理事同知廳（原綏遠糧餉廳），并將綏遠、歸化新舊二城正式合并稱歸綏縣。

民國三年（1914年），設立綏遠特別行政區(qū)。

民國四年（1915年），設綏遠道，管轄行政區(qū)內的8個縣；同年7月，廢除綏遠道，改為綏遠民政廳，恢復都統(tǒng)，下設軍政、民政廳建置；同年9月，改綏遠特別行政區(qū)都統(tǒng)公署為綏遠省臨時區(qū)政府。

民國十八年（1929年），綏遠省成立，并將歸綏縣定為省會（一級縣），下設4個區(qū)，今回民區(qū)在第一區(qū)所轄范圍內。

民國二十六年（1937年），成立偽蒙古聯(lián)盟自治政府，歸綏城區(qū)改稱厚和豪特市。

民國二十七年（1938年）1月，歸綏縣改稱巴彥縣；同年8月，撤銷巴彥縣，與市區(qū)合并，通稱厚和特別市。

民國二十八年（1939年），更名厚和市，在厚和市城區(qū)設6個鎮(zhèn)，舊城設4個鎮(zhèn)，今回民區(qū)在第四鎮(zhèn)范圍內。

民國三十四年（1945年），國民黨進駐歸綏，厚和市改稱為歸綏市，恢復歸綏縣，與市割界分治，當時歸綏市市區(qū)原6個鎮(zhèn)改為6個區(qū)，舊城有4個區(qū)，今回民區(qū)為第一區(qū)范圍內。

民國三十八年（1949年）9月，綏遠和平解放后，歸綏市區(qū)仍設6個區(qū)，今回民區(qū)在第一區(qū)境內。

1950年2月，歸綏市在調整區(qū)劃時，將回民聚居區(qū)域劃入歸綏市第一區(qū)公所轄區(qū)。

同年12月28日，撤銷歸綏市第一區(qū)公所，成立歸綏市回民自治區(qū)。

1955年12月，經自治區(qū)人民政府批準，撤銷回民自治區(qū)，改稱呼和浩特市回民區(qū)。

1956年11月，呼和浩特市人民委員會決定，撤銷慶凱區(qū)時，將其一部分區(qū)域劃歸回民區(qū)。

1961年，新城區(qū)管轄的錫林郭勒北路以西部分地區(qū)劃歸回民區(qū)。

1967年，將回民區(qū)更名為“紅旗區(qū)”，并成立紅旗區(qū)革命委員會。

1978年10月，恢復回民區(qū)。

1980年，召開回民區(qū)第八屆人民代表大會，選舉產生回民區(qū)人大常委會和人民政府。

1999年7月1日，呼和浩特市調整市轄區(qū)行政區(qū)劃，把原郊區(qū)的攸攸板鄉(xiāng)和西菜園鄉(xiāng)9個行政村劃歸回民區(qū)，統(tǒng)稱攸攸板鄉(xiāng)。