黃旗街道辦事處原名黃旗屯街道辦事處。

在前中華民國、日偽政府和國民黨統(tǒng)治時期，屬永吉縣第二區(qū)。

1942年后隸屬吉林市白山區(qū)至誠町會。

1945年隸屬吉林市白山分區(qū)黃旗屯系，為至誠聯(lián)保。

1948年3月9日吉林市解放后該地叫西團子村。

1950年改叫西團子山子村與西南窯村合并改為黃旗屯街道，并設立辦事處。

1956年農業(yè)合作化時，由菜民和農民組織起來，改為高級社。

在1958年大辦人民公社時，臨江門以西地區(qū)成立東風人民公社，黃旗屯街道歸新成立的東風管理區(qū)。

1958年末，由于體制改革，東風管理區(qū)解散，成立吉興管理區(qū)。

1959年劃歸白山公社管理。

1963年歸吉林市船營區(qū)改名為黃旗屯街道辦事處。

1966年又改名為長春路街道辦事處。

1979年4月1日由長春路街道辦事處分出后，又叫黃旗屯街道辦事處。

2005年經船營區(qū)政府批準改稱黃旗街道辦事處，沿用至今。