二甲鎮(zhèn)的形成可追溯至清代初期，當時眾多開荒者來到通州東部沿海燒鹽墾荒，逐漸在現(xiàn)二甲鎮(zhèn)附近東南一帶形成以交易土布、糧油為主的集市——“南安鎮(zhèn)”。

由于交通不便，后來集市慢慢轉移至為防止海潮內灌的西壩（二甲壩），久而久之便形成了新的集鎮(zhèn)。

1952年與海洪、六甲兩鄉(xiāng)合建二甲鎮(zhèn)。

1958年二甲鎮(zhèn)和桂貞鄉(xiāng)合并成聯(lián)盟人民公社。

1961年鎮(zhèn)社分治，建二甲鎮(zhèn)。

2000年袁灶、余西、余北三鄉(xiāng)并入二甲鎮(zhèn)。

名稱未變，沿用至今。