清代，馬洞村地片屬兌宮馬洞圖，飛坳、團侖兩地片屬兌宮伏龍圖，民國屬南鄉(xiāng)第四、第五保，1950年后屬南區(qū)中塅鄉(xiāng)和飛坳鄉(xiāng)，1954年屬中塅鄉(xiāng)，1958年同屬九嶺人民公社馬洞、飛坳大隊，1962年屬九嶺區(qū)中塅人民公社馬洞、飛坳大隊，1975年同屬新生公社馬洞、飛坳大隊，1984年同屬九嶺區(qū)中塅鄉(xiāng)馬洞、飛坳、團侖村，1987年屬九嶺鄉(xiāng)馬洞、飛坳、團侖村，2001年九嶺鄉(xiāng)、潭下鄉(xiāng)、石溪鄉(xiāng)、馬港鎮(zhèn)合并為馬港鎮(zhèn)，屬馬洞、飛坳、團侖村，2002年馬洞、飛坳、團侖三村合并為馬洞村，屬馬港鎮(zhèn)至今。