明清，屬城東鎮(zhèn)。

1912年，屬鳳山鎮(zhèn)。

1949年，建立石門鄉(xiāng)，屬三屯區(qū)。

1956年，改為石門高級社，屬三屯鄉(xiāng)。

1960年，為龍王大隊。

1962年，建立石門大隊，屬三屯公社。

1963年，又合并為新建大隊，屬三屯公社。

1965年，再次分為石門大隊，屬三屯公社。

因與柏樹公社石門大隊重名，1982年2月經(jīng)縣政府批準(zhǔn)石門大隊更名為耿溝大隊，屬三屯公社。

1984年，改為耿溝村民委員會，屬三屯鄉(xiāng)。

2011年，屬三屯鎮(zhèn)。