唐、宋間屬清云鄉(xiāng)腹地。
明、清中北部屬趙市里，西南部屬長江河里。
民國初屬長興區(qū)。
1940年屬長黃鄉(xiāng)。
1947年至1948年先后屬盧大街區(qū)、張老埠區(qū)。
1949年屬張老埠區(qū)，同年底改屬陳淋區(qū)。
1951年西部幾鄉(xiāng)劃屬武廟集區(qū)。
1956年建祖師廟中心鄉(xiāng)、王樓中心鄉(xiāng)。
1958年設(shè)祖師、萬崗管理片，屬紅蘇（大）公社（駐武廟集）。
1959年改屬陳淋（大）公社。
1961年改建祖師、萬崗等（�。┕纾瑢訇惲軈^(qū)。
1962年重建祖師公社。
1983年改設(shè)祖師廟鄉(xiāng)。
2013年改置祖師廟鎮(zhèn)。