唐貞觀十二年（638年），置龍源縣，治今鎮(zhèn)，隸環(huán)州。

唐天寶元年（742年），龍源縣改屬正平郡。

唐乾元元年（758年），龍源縣復改屬環(huán)州。

宋熙寧八年（1075年），龍源縣并入思恩縣。

民國二十二年（1933年），設有水源、上南兩鄉(xiāng)，屬思恩縣。

1958年，設紅日公社。

次年，分設三美、隆勝、水源3個公社。

1962年，將三美、隆勝兩公社合并設水源區(qū)。

1965年，水源區(qū)改為水源公社。

1984年，水源公社改為水源鄉(xiāng)和上南毛南族鄉(xiāng)。

1987年，上南毛南族鄉(xiāng)改為上南鄉(xiāng)。

1996年，水源鄉(xiāng)改為水源鎮(zhèn)。

2005年，上南鄉(xiāng)并入水源鎮(zhèn)。