中華人民共和國成立以后，屬惠陽縣第四區(qū)、第七區(qū)、大鵬鄉(xiāng)、大鵬人民公社管轄。

1958年11月，大鵬人民公社劃歸寶安縣管轄，隸屬漁業(yè)大隊。

1983年7月取消人民公社體制時，大鵬公社改稱為大鵬區(qū)，1986年10月撤區(qū)建鎮(zhèn)，南澳從大鵬鎮(zhèn)分出而單獨設(shè)鎮(zhèn)，與大鵬鎮(zhèn)同級，成立南漁村民委員會；1993年1月，原寶安縣撤銷劃分為寶安和龍崗兩區(qū)，轄屬龍崗區(qū)。

2004年深圳市進(jìn)行城市化改制，成立南漁社區(qū)居委會，名稱沿用至今。