清代，屬茭塘司的大嶺堡和圣堂堡。

清末及民國時(shí)，屬崗尾社鄉(xiāng)。

1949年10月，為禺南東區(qū)鄉(xiāng)辦事處駐地。

1950年5月，改為第二區(qū)。

1953年春，二區(qū)分為三區(qū)和四區(qū)，石樓為三區(qū)駐地。

1955年秋，改稱石樓區(qū)。

1958年10月，三個(gè)大鄉(xiāng)并為石樓團(tuán)；同年12月，為石樓基層公社。

1959年3月，為石樓公社；同時(shí)析出蓮花山和化龍兩個(gè)公社。

1984年，為石樓區(qū)。

1987年，石樓區(qū)改為石樓鎮(zhèn)。

2002年3月，蓮花山鎮(zhèn)并入石樓鎮(zhèn)。