新中國成立前，土瓜圩隸屬東莞縣文順鄉(xiāng)（現石龍）。

1950-1952年，屬田頭鄉(xiāng)轄。

1952年，土瓜圩村與深瀝、沙頭、陣村4個村合并為豐平鄉(xiāng)，隸屬于東莞縣第七區(qū)（企石區(qū)）。

1958年，隸屬于東莞縣企石公社上南大鄉(xiāng)。

1959年3月，隸屬博羅縣園洲人民公社。

1959年，土瓜圩村與深瀝村合并為土深大隊。

1980年，拆分為深瀝大隊和土瓜圩大隊。

1983年，土瓜圩與深瀝合并為土深鄉(xiāng)，1986年，成立土瓜圩管理區(qū)，1999年稱土瓜圩村民委員會至今。