皇城（又名斡爾朵、皇城灘），元朝永昌王曾建避署宮于此，故名皇城。

清朝末期到民國時(shí)期系蒙古、回、藏族聚居區(qū)。

1929年設(shè)甘肅省畜牧公司。

1949年劃歸青海省門源縣轄，解放后，設(shè)皇城鄉(xiāng)人民政府，仍屬青海省轄。

1959年甘青邊界調(diào)整時(shí)劃歸肅南縣管轄，大河、康樂、馬蹄、八字墩、友愛等地的部分裕固族牧民搬遷至此，分別成立了皇城人民公社（肅南縣轄）和皇城農(nóng)牧場（歸張掖專區(qū)）。

1962年人民公社改制皇城區(qū)（皇城農(nóng)牧場撤銷）。

1967年易名為紅衛(wèi)區(qū)。

1970年恢復(fù)原稱。

1971年10月劃歸永昌縣轄。

1972年復(fù)歸肅南縣，皇城區(qū)公署下轄馬營、北灘、東灘、泱翔、鏵尖五鄉(xiāng)。

2004年12月，隨著全縣行政區(qū)劃的調(diào)整，皇城撤區(qū)并鄉(xiāng)后，成立了皇城鎮(zhèn)。