原阿克塞哈薩克族自治縣位于海拔2800米的博羅轉井溝，處在阿爾金山的沖擊扇地區(qū)，居住在縣城的人們，除了少數人以正常職業(yè)維持生計外，游牧為當地人的主要生存方式；1953年敦煌縣以南的海子為中心地區(qū)置阿克塞哈薩克族自治區(qū)籌備委員會，1954年4月26日成立阿克塞哈薩克族自治區(qū)（縣級），駐博羅轉井。

1955年改名為阿克塞哈薩克族自治縣；1995年1月，國務院批準同意阿克塞縣政府駐地由博羅轉井鎮(zhèn)遷至紅柳灣鎮(zhèn)。

1996年初，新縣城建設工作全面啟動。

1998年縣城正式由博羅轉井鎮(zhèn)遷至紅柳灣鎮(zhèn)。